San Sebastián posee las certificaciones en Sistemas de Gestión de Calidad ( ISO 9001:2000) y Gestión Ambiental  ( ISO 14001:2004).

COOPERATIVA SAN SEBASTIAN, establece como objetivos prioritarios de Gestión, la evaluación continua de la satisfacción de sus Socios y clientes, el respecto al Medio Ambiente durante las actividades desarrolladas por la empresa, incluyendo un compromiso de mejora continua y de prevención de la contaminación, por parte de todo el personal de nuestra organización.

Para ello, posee un Sistema de Gestión de la Calidad y del Medioambiente establecido según las normas UNE-EN ISO 9001:2000 y UNE-EN ISO 14001:2004.

Con esto, San Sebastian adquiere el compromiso de  garantizar un producto saludable, procedente de frutos cuyo desarrollo está controlado bajo Producción Integrada y/o Agricultura Ecológica (CAAE), ambos con certificación ISO 9001 y 14001, además de contar con el reconocimiento de Calidad Certificada concedido por la Junta de Andalucía.